Sejarah awal penubuhan PALAPES UPSI telah bermula dari detik ini yang mana berbekalkan 6 orang kakitangan pentadbiran dan 29 orang tenaga pengajar akademik yang kebanyakannya di pinjam dari berbagai agensi Kementerian Pendidikan Malaysia, pihak Universiti dan beberapa orang wakil telah mengadakan perbincangan dengan pihak Kementerian Pertahanan iaitu Markas Tentera Darat - Bahagian Pasukan Simpanan dan Markas Latihan Tentera Darat bagi membincangkan penubuhan PALAPES UPSI. Pihak pentadbiran Universiti telah mengemukakan kertas cadangan penubuhan kepada Senat Universiti pada tahu  1999 setelah mendapat keizinan dai Kementerian Pendidikan.

​

Setelah kelulusan diperolehi dari Senat Universiti, kertas cadangan penubuhan telah dimajukan kepada Markas Tentera Darat  - Bahagian Pasukan Simpanan (BPS) pada tahun yang sama. Setelah  Kementerian Pertahanan meluluskan cadangan penubuhan PALAPES UPSI - Markas Tentera Darat - Bahagian Pasukan Simpanan seterusnya memajukannya kepada Jabatan Perkhidmatan Awam (JPA), tetapi JPA tidak meluluskan permohonan penubuhan PALAPES UPSI tersebut. Walaubagaimanapun pihak pentadbiran Universiti tidak berputus asa dan da seterusnya  Naib Canselor UPSI telah membuat kunjungan hormat kepada Menteri Pertahanan, Panglima Aangkatan Tentera dan Panglima Tentera Darat bagi menjelaskan matlamat penubuhan tersebut. Hasil dari perbincangan tersebut Kementerian Pertahanan telah bersetuju untuk permohonan Penubuhan PALAPES UPSI. Setelah dua kali permohonan iaitu pada tahun 2001 dan 2003, akhirnya  atas desakan Jemaah Menteri permohonan PALAPES UPSI telah diluluskan dengan menggunakan struktur jawatan 'adhoc' bernombor penjawatan FED (M) 4124/2/(03), dengan Perintah Berkuatkuasa pada 1 Oktober 2003 PALAPES IPTA ke 10 telah ditubuhkan setakat ini.